Što se tiče logistike koja posebno okružuje zeleni vodonik, jedno područje na koje treba obratiti pažnju je lokacija proizvodnih pogona. Često su oni namijenjeni područjima u kojima su izvori obnovljive energije u izobilju – kao što su Australija, Sjeverna Afrika i Bliski istok – ali mnogo milja daleko od mjesta gdje će se vodonik zapravo koristiti.